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AMBER ADVANCED TUTORIALS
TUTORIAL 3 - SECTION 3.3

Python Script MMPBSA.py

Dwight McGee, Bill Miller III, and Jason Swails

このシミュレーションでモデル化するシステムは 【1日・2日はポイント10倍】【SHOEI・ショウエイ】HORNET ADV SEEKER ホーネットADV シーカー TC-1(レッド/ブラック)【送料無料!】(※一部地域を除く)、シグナル伝達カスケードの中心であるヒトH-Rasタンパク質とC-Raf1のラス結合ドメインとの複合体である。下記はRAS-RAF複合体の部分的に平衡化して準備されたPDBファイルである。

MFW エムエフダブリュー クラッチレバー ゴールド Z1000 (水冷) Z750 Z800 ZX-10R ZX-12R ZX-6R ZX-9R ニンジャ1000 (Z1000SX) ヴェルシス1000

この構造には、

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【ご注文方法について】※下記内容を守らずに発生いたしましたクレームに関しましては一切対応できませんので、必ずご確認下さい。・メーカーホームページの適合表をご確認頂き、お車に適合する『商品番号』をご確認下さい。・商品名の車両情報は、商品設定時以降にモデルチェンジ、仕様変更や誤りにて改定され、異なる場合がありますので、必ず適合表をご確認頂き、『商品番号』が合致する商品をお選び下さい。・写真は参考例のため商品番号により形状が異なります。メーカーホームページは下記バナーをクリック季節や天候、地形などさまざまな要因から、市街地での走行状況はめまぐるしく変化します。そのため、ストリート用パッドは常温域でのあらゆる温度変化、速度で安定した制動力を発揮することが求められます。Y-SPORTは従来の初期制動、フェードリカバリー性といった、ストリートパッドとして重要な性能に優れ、いかなる状況下でも確実な制動力を発揮するパッドとして好評を得てきました。スポーツパッドとして必要となる高いコントロール性を併せ持つ、ストリート性能とスポーツ性能を両立するパッドとしてリニューアルしました。最小の慣らしで鋭い初期μが立ち上がる初期制動の確かさをご体感下さい。【スペック】ローター適正温度域:0~400℃素材:ノンアスベスト走行フィールド:ストリート~ハイウェイベストマッチタイヤ:ラジアルタイヤ【こんな方にオススメ】「純正より高温特性に優れた長持ちパッドが欲しい」という方「効きは欲しいがホイールは汚したくない」という方

、rasおよびRAFタンパク質と、生理的に必要なGTPヌクレオチドが含まれる。:

tleapによって読まれる変異PDBファイルを準備する必要がある。一貫したprmtopファイルを保証するために、どのシミュレーションを実行する前にも、初期にAPP (エーピーピー) AP-8000 SHOE ダイハツ ムーブ L175S 06.10~ スポーツブレーキシューで作成されたトポロジーファイルと共に変異体のPDBとトポロジーファイルの作成を強く推薦している。このチュートリアルでは、受容体とリガンドとの間の接合部位にあり、結合エネルギーに顕著な効果を有しているはずの残基イソロイシン21(I21)をアラニン残基21に変異させた。現在のバージョンのコードのみがアラニンへの突然変異をサポートしている。

I21は受容体のみで発見されているので、変異体リガンドのPDBファイルを作成する必要はない。したがって、ゼログラビティ ZERO GRAVITY スクリーン SRタイプ 96年-02年 YZF600 サンダーキャット スモーク 2057602 HD店[ACRE] アクレ ブレーキパッド ドリパ リア用 クラウンワゴン / クラウンエステート JZS171W 99/12~07/5 2500cc TURBO ※代引不可 ※北海道・沖縄・離島は送料2160円 ハンドルカバー パレット ステアリングカバー 和彫ブラック S(外径約36-37cm)「軽自動車 キルト生地 Azur 日本製」ras.pdbを変更する必要がある。これを行うには、関与しているアミノ酸の構造についての知知識が必要がある。イソロイシンの側鎖は、-CH(CH3)CH2CH3で、アラニンの側鎖は、-CH3である。イソロイシンの側鎖は、アラニンの側鎖よりも多くの原子を有しているので、原子とPDBファイルから、それに対応する情報(名前、番号、座標等)を除去しなければなら。この変異は、β-炭素(CB)以外のすべての側鎖原子を除去することを意味する。I21では、Ras-RafおよびRasのPDBファイルから原子294から原子305に相当する行を削除しなければならない。システムのために選択した特定のライブラリファイルに基づいてtleapが適切な場所にβ-水素(HB)追加するので、それを自分で追加する必要はない。最後にすべて残基21の原子の「ILE」を「ALA」に変更する。、この手順は、2つの変異体のPDBファイル、ras-raf_mutant.pdbras_mutant.pdb を与える。 RAS-RAFのI21A mutationは下図に示す。

カルボニル炭素(C)以前の原子群以外でCBの後の原子群では、他の変異は同様の手順に従うことができ、PDBファイルから除去することができる。 1つの計算中に実行できる変異は一つのみである。

PDBファイルが作成されたので、tleap使用してその構造に対応するトポロジーとcoordinateファイルを作成する。まず、非突然変異体複合体に対応するファイルを作成する:

また、MDシミュレーションを実行するための溶媒和複合体を作成する必要がある。:

tleapを終了する前に、作成した変異体のPDBファイルからトポロジーとcoordinateファイルを作成する。:

12のファイル(6 .prmtopファイルと6 .inpcrdファイル)が作成された。非突然変異.prmtopと.inpcrdファイルは最安挑戦 DIXCEL DIXCEL プレーンディスクローター PD PD3119065SSection 2で説明されている手順に従って平衡化システムを取得する分子動力学(MD)シミュレーションを実行するために使用される。

MMPBSA.pyを使用して、結合自由エネルギーを計算するための重要なファイルは、非変異トポロジーとcoordinateファイル(ras-raf_alascan.tgz)を使用して実行されたトポロジーファイル(非変異体および突然変異体)とmdcrdファイルである。

複合体、受容体とリガンドの相互作用エネルギーと溶媒和自由エネルギーを計算し、結合自由エネルギーの推定値を得るために、結果を平均する。mdcrdファイル(複数可)の座標は、「wild-type」構造との比較のために突然変異させた後に続いて同じ計算が変異した構造上で実行する。チュートリアルのこの部分では結合に寄与するエントロピーの計算を実行しないので、厳密には、その結果は真の自由エネルギーを示さないが、同様のシステム間での比較に使用することはできる。Normal Mode Analysis (Nmode)の例としては、Section 3.5にはAMBERのptrajモジュールを使用しQuasi-Harmonicエントロピー計算を実行するために、システムのエントロピーの寄与を計算したり、下記入力ファイルの&general namelistの最後の行をコメントアウトしている。

MM-GBSA法とMM-PBSA法を比較するため両方を使用して結合エネルギー計算をする。MMPBSA.pyでは、以下の入力ファイルを用いて行う。:

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MMPBSA.py用の入力ファイルは、AMBERのsanderモジュールのmdinファイルの設定に同様になるように設計されている。各名前リストは、ampersand (&)で開始し次に名前リストが続く。また BLITZ NUR-SPEC W’S トヨタ カローラフィールダー エアロ付 ZZE123G用 (67069)【マフラー】ブリッツ ニュルスペック ダブリューエス、名前リストの終了はbackslash (/)または'&end'で表す。すべての変数の完全なリストは、ユーザーズマニュアルhereを参照する。入力ファイルは、general, pb, と gbとalanine_scanningの4つの名前リストに分割されている。一般的な名前リストは、計算の特定の部分に変数を指定するのではなく、すべての部分に変数を指定するように設計されている。このセットアップでは、受容体をRAS、リガンドはRAFと定義した。'endframe'変数はmdcrdの何フレームで終了するかをセットする。'verbose'変数は計算の終了時にどのファイルを取り除くかを決める。MPIのコマンドの詳細については、マニュアルまたは TOYOTIRES トーヨー ナノエナジー3プラス NANOENERGY3plus サマータイヤ 205/55R16 KYOHO 共豊 スマック プライム ラヴィーネ SMACK LAVINE 12月末迄 ホイールセット 4本 16インチ 16 X 6.5 +48 5穴 114.3Section 3.4を参照する。'&gb'と '&pb' ネームリストマーカーは 2輪 フルカワ 12V型高始動形バッテリー FB14L-A2 形式:FB14L-A2 ホンダ FT400 NC09、スクリプトでそれらの名前リスト内で定義され指定された値でMM-GBSAとMM-PBSA計算を実行するかを決めている。「alanine_scanning」名前リストマーカーは、スクリプト内のアラニンスキャニングを初期化する。&alanine_scanning変数群でのみ認識された入力変数は、マニュアルに詳細に記載されている「mutant_only」である。

4つのPythonスクリプト(MMPBSA.py、utils.py、alamdcrd.py ミツビシ ランサー 91.10~95.10 CB7A/CD7A ACRE(アクレ) ブレーキパッド スーパーファイター 304 フロント 左右セット ブレーキ アクレ パッド、およびinputparse.py)は、インストール時に$AMBERHOME/bin/に置かれている必要がある。スクリプトは、サンダーとpmemdで使用されるものと同様のコマンドラインフラグを使用し(上記の入力ファイルを使用)開始することができる。:

このコマンドは、対話的にスクリプトを実行し、計算の進捗状況をstdoutとエラーや警告をstderrへ表示する。計算が終わると、計算の各ステップに要した時間を示す。

コマンドライン引数は、シェル認識ワイルドカード(すなわち、*およびbashでは?)で与えることができる。たとえば、コマンドラインで '-y *.mdcrd'は作業ディレクトリ内の '.mdcrd'で終わるすべてのファイルを読み込み、rajectoryとして解析するよう使用することをスクリプトに指示する。

ここで、このスクリプトによって作成されたすべての出力ファイルは: ALASCAN_output.tgz.

スクリプトはptrajを使用して、GBとPBの計算中に分析されたcoordinateである3つの非溶媒和 mdcrdファイル(複合体、受容体、およびリガンド)を作成する。*.mdoutファイルは指定されたすべてのフレームに対するエネルギーを含んでいる。平均構造のPDBファイルには、要求された場合 ptrajによりquasi-harmonicエントロピー計算ための準備するためにすべての一連のスナップショット(RMSを介して)が作成される。MMPBSA.pyによって作成されたすべてのファイルは、最終的な出力ファイルを除き、接頭辞「_MMPBSA_ 'で始まる。 FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat

FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat

 
統計ファイルの先頭には、日付/時刻が含まれ、得られた値やファイルに基づいたすべての警告、mmpbsa.in テキスト、スクリプトにより使用されたファイル UVカット IRカット フィルム オリジナル 製 スモーク ラゲッジ NISSAN 日産 ラルゴ H05/5~H11/6 W30/CW30/NW30/VW30/VNW30 N051-01スモーク 車種別 カット済み フィルム貼り 張替 ポイント消化、分析されたフレームの数、および使用されたPBソルバ(もしあれば)が置かれる。統計ファイルの残りの部分には、すべての平均エネルギー、標準偏差、およびPB続きGBによって出された平均の標準誤差を含んでいる。各セクションの後、結合のΔGは、エラー値と一緒に与えられる。ファイル内の別の用語の意味は次のとおりである:

VDWAALS = van der Waals contribution from MM.
EEL = electrostatic energy as calculated by the MM force field.
EPB/EGB = the electrostatic contribution to the solvation free energy calculated by PB or GB respectively.
ECAVITY = nonpolar contribution to the solvation free energy calculated by an empirical model.
DELTA G binding = final estimated binding free energy calculated from the terms above. (kCal/mol)

受容体とリガンドの接合ポテンシャル項の値が、単一のtrajectoryアプローチを使用した複合体接合ポテンシャルを正確にキャンセルする必要があるので、全ガス相エネルギーが報告されていないことに注意する。エネルギーが許容公差内でキャンセルしない場合は、エラーメッセージが発生する。

一般的に複合体形成に有利な静電エネルギーと不利な溶媒和自由エネルギーを予測する。これは 、

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、結合粒子の脱溶媒和することと, それらを結合インタフェースに整列させるために使用しなければならないエネルギーを象徴している。


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